東南大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院之前身為南京工學(xué)院無線電工程系，其悠久厚重的歷史可追溯至1923年的國立東南大學(xué)電機工程系。1928年，國立東南大學(xué)電機工程系更名為國立中央大學(xué)電機工程系。

1932年，陳章先生來到中央大學(xué)電機工程系任教授，并于1936年起任系主任，在此期間開創(chuàng)了我國無線電教育之先河。1952年，在全國高等學(xué)校的院系調(diào)整中建立了南京工學(xué)院，電機工程系分設(shè)為電力工程系和電信工程系；

1953年，先后有浙江大學(xué)、復(fù)旦大學(xué)、交通大學(xué)、廈門大學(xué)、金陵大學(xué)、江南大學(xué)、山東工學(xué)院等院校的電信工程系并入，建立了南京工學(xué)院無線電工程系，陳章教授擔(dān)任首任系主任。

1956年，約有三分之一的教師和設(shè)備調(diào)去成都，支援新建的成都電訊工程學(xué)院（現(xiàn)電子科技大學(xué)）。1962年，電真空器件專業(yè)從無線電工程系分出，單獨成立了電子器件系（現(xiàn)東南大學(xué)電子科學(xué)與工程學(xué)院）。

2006年，無線電工程系更名為信息科學(xué)與工程學(xué)院。2018年4月，“信息安全”學(xué)科從學(xué)院分出，和相關(guān)學(xué)院組建成立網(wǎng)絡(luò)空間安全學(xué)院。