1.標志整體是對天壇及雪山元素的抽象化提取。天壇位于北京，是北京最具代表的標志性建設之一，象征著華夏文明的積淀，其文化精髓包含了陰陽五行等學說，展示中國古代特有的祈福寓意。寓意北京藏醫(yī)院立足北京融合發(fā)展，“傳承民族醫(yī)學，服務人民健康”的宗旨。
2.屹立的雪山是西藏最具地域特色的特征之一，賦予了西藏獨特的魅力，標志由西藏雪山構成，象征著北京藏醫(yī)院以藏醫(yī)為特色醫(yī)術精湛，“和合濟世、博愛精誠”的精神。同時，三座山脈意指藏傳三陰學說。
3.中間“十字”醫(yī)院標識鏈接著京藏，寓意京、藏相輔相成，體現(xiàn)了北京藏醫(yī)院的特色。
4.外部圓形環(huán)繞，代表著保護和無限、輪回，象征著北京藏醫(yī)院的誠信、交流、圓滿和完整。
5.色彩上，采用紅、黃、藍、綠、白五種顏色對應著五元（五行）。在藏族傳統(tǒng)的調(diào)色法中，黃、藍、紅、綠為顏色之父，白色為顏色之母。藍、白、紅、綠、黃是西藏地域文化的顯著特征。同時黃色也是故宮琉璃瓦的色彩，代表著清晨的太陽象征著希望。五種色彩的搭配更好的表現(xiàn)出“北京”與“西藏”的顯著特征，也是北京與西藏地域與文化的交融。
6.字體采用無襯線字體，無過多的修飾更加簡潔，應用性較強。